A l’hôpital Henri-Mondor, une équipe de chercheurs traque les mutations du Covid-19

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Alpha, Delta, et bientôt Omicron: dans le service de biologie médicale de l’hôpital Henri-Mondor de Créteil, l’équipe du Pr Pawlotsky suit en temps réel les mutations du virus à l’origine du Covid-19 grâce à une technologie de séquençage de pointe.

Cet hôpital de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP), situé dans le Val-de-Marne, gère une des quatre plateformes nationales de surveillance et de séquençage du génome du SARS-CoV-2 pour détecter l’émergence des variants.

« Techniquement, on était prêt pour affronter une pandémie », assure le chef du pôle de Biologie-pathologie Jean-Michel Pawlotsky, parcourant son service d’un pas assuré. Son équipe, disséminée dans un dédale de salles, se penche depuis 2011 sur le génome de virus comme le VIH ou les hépatites.

Avec l’apparition du Covid-19 et de ses variants, la tâche a pris une tout autre ampleur fin 2020. Sollicité par Santé publique France et l’ANRS Maladies infectieuses émergentes, rattachée à l’Inserm, le pôle de Créteil a reçu près de 3 millions d’euros pour recruter une dizaine de techniciens et adapter sa technologie à l’étude du SARS-Cov-2.

Le séquençage « nouvelle génération », divisé en plusieurs étapes, permet d’établir une carte d’identité du virus grâce à l’analyse de son génome, détaille le virologue et responsable de la plateforme Christophe Rodriguez.

« Il y a eu un bond technologique en l’espace de dix ans: le séquençage et la technologie des vaccins à ARN messager nous ont permis de gagner un temps précieux pour cette épidémie », abonde le Pr Pawlotsky.

Chaque semaine, quelques milliers de tests positifs collectés par 200 laboratoires du quart nord-est de la France arrivent à Henri-Mondor par camions réfrigérés, sécurisés dans des enveloppes hermétiques.

De 500 séquençages de génome par semaine début 2021, la plateforme est montée en puissance à l’été pour atteindre aujourd’hui les 2.500 hebdomadaires, en partie grâce à l’automatisation du processus.

Dans une salle climatisée, deux techniciens masqués manipulent avec soin des tubes aux tailles et couleurs variées. Sous une hotte, ils transvasent délicatement les écouvillons contaminés dans des contenants dimensionnés pour l’extracteur, où l’ARN sera isolé en retirant tous les débris cellulaires.

– « Dictionnaire universel » du Covid –

Après l’extraction, les millions de longs brins d’ARN sont découpés en fragments pour être décodés, sous l’oeil attentif de la technicienne de laboratoire Vanessa Demontant, un pin’s en forme d’ADN sur sa blouse.

Un lecteur à l’aspect relativement ordinaire – mais dont le coût de la version la plus récente avoisine le million d’euros – permet finalement de comparer les séquences de génome à celle de référence afin d’identifier les mutations.

Le processus complet prendra 3 à 4 jours, et les résultats permettront d’alimenter des bases de données nationales et internationales, constituant selon le Pr Rodriguez un véritable « dictionnaire universel du Covid ».

Chaque semaine, les « études flash » d’Henri-Mondor permettent aussi de dessiner une cartographie locale des variants, avec des dominants et des micro-émergences.

Il y a d’abord eu Alpha, le variant anglais arrivé en France fin 2020, puis Beta (sud-africain) et Gamma (brésilien), qui n’ont jamais réussi à prendre l’avantage. En mars dernier, l’hôpital a aussi détecté son propre variant, minoritaire, baptisé « Henri-Mondor ».

Après une vague à l’hiver, Alpha a été peu à peu remplacé par l’indien Delta, toujours largement majoritaire à plus de 99% et qui connaît actuellement sa deuxième poussée.

C’est ce variant qui préoccupe toujours l’équipe du Pr Pawlotsky, plus qu’Omicron, encore très peu présent. « La question, c’est de savoir si Delta va lui laisser sa place, ou s’il va attendre sa chute pour prendre le dessus », détaille-t-il.

« Le variant dominant s’épuise, et si ce n’est pas lui, c’est un autre qui prendra le dessus ». Tout dépend de leurs propriétés, mais aussi des hasards de l’épidémie. « Ce qui est sûr, c’est que le virus est là pour toujours. Il faut apprendre à vivre avec ».

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