Les scientifiques continuent de découvrir des virus étranges comme l'enfer partout dans le monde. Cette semaine, les chercheurs ont détaillé leur découverte de bactériophages relativement mammouths, des virus qui infectent les bactéries. Ces gros micro-organismes ne font pas que nier les virus typiques, ils semblent également capables de trucs complexes normalement vus uniquement sur les êtres vivants.
Ces dernières années, nous avons découvert toutes sortes de virus beaucoup plus gros que d'habitude, certains encore plus gros que certaines bactéries. Ce n’est pas seulement la taille physique qui rend ces virus volumineux; c'est leur génétique. Le virus de la grippe A possède par exemple huit gènes, représentant 13 000 paires de bases d'ADN. Mais les plus gros virus découverts jusqu'à présent possèdent des centaines de gènes, avec plus d'un million de paires de bases, et peuvent être visibles sous les microscopes les plus faibles.
Celles-ci virus géants, comme ils sont connus, ont été largement trouvés dans les amibes, souvent dans des environnements éloignés des humains. Mais les chercheurs ont maintenant trouvé des phages de même taille dans des endroits à la fois plus exotiques et plus proches de chez eux. L'année dernière, une équipe documenté de grands phages vivant à l'intérieur des bactéries intestinales des habitants du Bangladesh. Dans une nouvelle étude publié aujourd'hui dans Nature, cette même équipe a maintenant fourni des preuves de phages encore plus grands vivant à travers le monde.
Le monde des virus «est beaucoup plus compliqué et intéressant qu'on ne le pensait auparavant».
Les scientifiques de nos jours souvent étude et découvrez de nouveaux virus en passant au crible la soupe d'ADN collective d'échantillons prélevés dans l'environnement. Dans ce cas, les chercheurs ont examiné des échantillons prélevés sur des crottes humaines et animales, des plans d'eau frais et marins, des sédiments boueux et des sources chaudes, entre autres environnements. Ils ont ensuite éliminé tous les microbes qui n'étaient probablement pas des phages, y compris d'autres virus. Enfin, ils ont essayé de reconstruire les génomes de ce qui restait.
"Les génomes (que nous avons trouvés) sont grands, certains beaucoup plus grands que les phages" typiques "", a déclaré à Gizmodo dans un e-mail l'auteur de l'étude Jill Banfield, professeur de sciences terrestres et planétaires à l'Université de Californie à Berkeley.
Banfield et son équipe disent avoir identifié plus de 300 types de phages qui dépassaient 200 000 paires de bases. Le plus grand qu'ils ont trouvé était plus de 735 000 paires de bases, soit plus de 10 fois la taille génétique du phage moyen. Ces «phages énormes», comme l'équipe les a surnommés, semblaient également avoir des gènes normalement présents dans les organismes et les cellules vivants, des gènes qui devraient leur permettre de réaliser des astuces assez complexes.
De nombreux phages énormes, par exemple, ont des gènes importants pour un système utilisé par les bactéries pour repousser les virus, connu sous le nom de CRISPR. Alors que la plupart d'entre nous pourraient penser CRISPR comme une technologie astucieuse d'édition de gènes, ses origines sont un ancien système immunitaire utilisé par les bactéries (ainsi qu'une autre branche de la vie unicellulaire, appelée archées) pour découper l'ADN des virus hostiles qui veulent les infecter. Ces gènes pertinents pour CRISPR, a expliqué l'auteur de l'étude Basem Al-Shayeb à Gizmodo, pourraient être utilisés par d'énormes phages pour amplifier les défenses de leurs hôtes, sous une forme de «guerre inter-virale pour cibler et détruire d'autres virus en compétition pour la même cellule hôte . "
Les nouvelles découvertes ne sont dernier pour illustrer à quel point nous comprenons peu les virus. Les capacités réalistes observées dans les grands virus brouillent l'image de ce qu'est réellement un virus – généralement considéré comme une entité non vivante. Même parmi les gros virus, les choses ne sont pas si simples.
D'énormes phages, bien que similaires à certains égards à d'autres virus géants, ne leur sont probablement pas très étroitement liés, de la même manière que les bactéries ne sont pas étroitement liées aux amibes ou à d'autres eucaryotes (organismes dont les cellules ont un noyau distinct). Au lieu de cela, l'équipe fait valoir qu'ils appartiennent à des groupements ou clades de virus complètement différents. Sur les 350 phages énormes qu'ils ont trouvés, l'équipe les a divisés en 10 clades distincts, chacun ayant un nom signifiant «énorme» dans la langue maternelle d'un co-auteur. Le clade américain? "Whopperphage."
Bien que les virus géants amoureux des amibes ne soient pas un problème pour les humains, il n'en va peut-être pas de même pour les phages énormes. Les phages vivant dans l'intestin humain sont connus pour influence le microbiome intestinal, qui pourrait affecter le risque de certaines maladies. Ils peuvent également transférer des gènes aux bactéries, ce qui peut les rendre plus résistants aux antibiotiques ou plus susceptibles de provoquer des maladies. À l'heure actuelle, cependant, la recherche sur les effets des phages sur la santé est limitée. Dans le même temps, les scientifiques pourraient améliorer des outils comme CRISPR en étudiant ces virus étranges.
Ce qui est certainement vrai, a déclaré Banfield, c'est que le monde des virus – qu'ils infectent les amibes, les personnes ou les bactéries – "est beaucoup plus compliqué et intéressant qu'on ne le pensait auparavant".
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